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Diez años después Santa Fe alcanzó su segunda estrella, de la mano del estratega Julio Tocker. En ese equipo se destacó el goleador argentino Juan José Ferraro.
En 1960 el Independiente Santa Fe formó un plantel de lujo, integrado por Oswaldo Panzutto, Perazzo, Bevilacqua, Guillermo Milne, Juan Montero y Ricardo Campana. Ellos destrozaron a todos sus rivales, y otra vez dirigidos por Julio Tocker se coronaron campeones del fútbol nacional.
Durante seis temporadas el Santa Fe fue animador del torneo colombiano, pero no consiguió el título que exigían sus hinchas. En 1966, bajo las órdenes de Gabril Ochoa Uribe, los rojos consiguieron su cuarta estrella con Germán Avila, Efraín Castillo, Delio ‘Maravilla Gamboa, Pablo Centurión, Alfonso Cañón, y del goleador del torneo, el argentino Omar Lorenzo Devanni, entre otros grandes jugadores.
El inicio de la década de los setenta fue dorada para Santa Fe:
en 1971 consiguió su quinto título al vencer en la final al Atlético Nacional. En este equipo se destacaron Miguel Angel Arce, Pedro Alzate, Víctor Campaz, Alfonso Cañón y Tumaco’ González. Cuatro años más tarde, la gloria de nuevo acompañó al Santa Fe. Se recuerda con entusiasmo la clasificación a la final, luego que el argentino Carlos Alberto Pandolfi marcara un gol en los últimos minutos del juego contra América.
Ello le dio derecho de enfrentarse al Deportivo Independiente Medellín, al cual venció para obtener su sexta estrella. Desde entonces, a pesar de haber contado con grandes hombres como el goleador Hugo Ernesto Gotardi, por solo citar uno, el Santa Fe no ha conseguido más títulos, pero sí ha mantenido ante sus hinchas la garra, la fuerza y la voluntad que siempre ha caracterizado al equipo rojo de la capital.
Participaciones en la copa Librtadores:
En el año 1980, Independiente Santa Fe compitió por quinta ocasión en una copa Libertadores. Es la primera vez que asiste válido del titulo de subcampeón, pues en las anteriores oportunidades lo hizo en calidad de Campeón
Su primera presentación en dicho certamen tuvo lugar en 1961 cuando se convirtió en el primer equipo colombiano que llegó a disputar una semifinal de la copa, tras eliminar al Wilsterman de Bolivia y al Barcelona de Ecuador. En la siguiente ronda, Santa Fe fue derrotado por el Palmeiras de Brasil, a la postre subcampeón del torneo.
En 1967, Santa Fe en compañia del deportivo Independiente Medellín, representó al futbol colombiano contra los conjuntos Argentinos Racing y River Plate y los bolivianos Bolívar y 31 de Octubre. Santa Fe perdió los dos encuentros con Racing; Empató en Bogotá (ver foto), y perdió en Buenos aires con River Plate; venció como local al 31 de Octubre pero perdió con dicho rival como visitante; empató con Bolívar en Bolivia pero fue vencido por este en Bogotá; y derrotó al Medellín en sus dos partidos. Al final fue tercero en su serie y Racing Campeón ese año.
En 1972, Santa Fe y Atletico Nacional jugaron por Colombia en la copa contra los equipos argentinos Rosario central e Independiente. A Nacional lo venció en Bogotá y le sustrajo un empate en Medellín. Con Rosario centra empató en Bogotá y perdió en Rosario y con Independiente cayó tanto en Bogotá como en Avellaneda, A la postre, fue tercero en la tabla.
En 1976, Santa Fe y Millonarios, ambos de Bogotá, rivalizaron en la copa con los peruanos Alianza Lima y Alfonso Ugarte. Santa Fe logró frente a Millonarios un empate y una victoria, frente al Ugarte un empate en Bogotá y una derrota en el perú y frente al Alianza dos contrastes. Pese a finalizar cuarto, Santa Fe resultó definitivo en la serie, puesto que al vencer a Millonarios le quitó la posibilidad de clasificarse semi-finalista a su compañero de patio.
En total durante sus cuatro presentaciones en la copa Santa Fe registra los siguientes resultados:
| AÑO | PJ | PG | PE | PP | GF | GC | PTS |
| 1961 | 6 | 2 | 2 | 2 | 11 | 11 | 6 |
| 1967 | 10 | 3 | 2 | 5 | 17 | 22 | 8 |
| 1972 | 6 | 1 | 2 | 3 | 4 | 9 | 4 |
| 1976 | 6 | 1 | 2 | 3 | 7 | 11 | 4 |
| TOTAL | 28 | 7 | 8 | 13 | 39 | 53 | 22 |